Результаты полногеномного секвенирования изолята низковирулентного вируса гриппа птиц подтипа Н9N2, выявленного на территории России в 2019 году.

06.09.2019 15:45

Сотрудниками референтной лаборатории вирусных болезней птиц проведено полногеномное секвенирование и анализ изолята низковирулентного вируса гриппа птиц A/chicken/Chelyabinsk/30/2019 подтипа H9N2. Вирус был выявлен на птицефабрике Челябинской области в феврале 2019 года и выделен в подведомственный Россельхознадзору ФГБУ «ВНИИЗЖ» на SPF-эмбрионах кур. Получение последовательности полного вирусного генома осуществлялось с использованием методов высокопроизводительного секвенирования нового поколения MiSeq (Illumina), программного комплекса для сборки генома de novo и картирования по референтной последовательности.

В результате работы были получены нуклеотидные последовательности для каждого геномного сегмента генома вируса. Филогенетический анализ подтвердил принадлежность данного изолята к генетической группе G1. Вирусы из группы G1 широко распространены в странах Ближнего Востока и Средней Азии. В результате анализа нуклеотидной последовательности гена HA изученного вируса было установлено родство с группой изолятов, выявленных на территории Израиля в период с 2006 по 2012. При сравнении всех полученных геномных сегментов с нуклеотидными последовательностями изолятов вируса гриппа, взятых в базе данных GenBank электронного ресурса NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/) и платформы EpiFlu (https://www.gisaid.org/), было установлено, что выделенный вирус A/chicken/Chelyabinsk/30/2019 имеет максимальный уровень генетической идентичности по всем генам с вакцинным штаммом A/chicken/Israel/215/2007, распространенным на территории Израиля.

Был проведен сравнительный анализ изолята A/chicken/Chelyabinsk/30/2019 с другими изолятами генетической группы G1, выявленными ранее на территории РФ. По результатам анализа установлена высокая генетическая идентичность вируса A/chicken/Chelyabinsk/30/2019 с выявленными в 2018 г. изолятами A/chicken/Siberia/03/2018 (Новосибирская область) и A/chicken/Amur_Russia/17/2018 (Амурская область). Это позволяет предположить, что занос вируса гриппа птиц генетической группы G1 на территорию РФ произошел из небольшого зарубежного географического региона. В пользу единственного источника заноса вируса гриппа птиц генетической группы G1 на территорию РФ также указывает географическая удаленность регионов выявления генетически гомогенных вирусов A/chicken/Siberia/03/2018, A/chicken/Amur_Russia/17/2018 и A/chicken/Chelyabinsk/30/2019.

Подробный анализ изолята A/chicken/Chelyabinsk/30/2019 будет опубликован в ближайших выпусках журнала «Ветеринария Сегодня».

 

Пресс-служба ФГБУ «ВНИИЗЖ»

 


Источник


Задайте вопрос