Сотрудниками референтной лаборатории вирусных болезней птиц проведено полногеномное секвенирование и анализ изолята низковирулентного вируса гриппа птиц A/chicken/Chelyabinsk/30/2019 подтипа H9N2. Вирус был выявлен на птицефабрике Челябинской области в феврале 2019 года и выделен в подведомственный Россельхознадзору ФГБУ «ВНИИЗЖ» на SPF-эмбрионах кур. Получение последовательности полного вирусного генома осуществлялось с использованием методов высокопроизводительного секвенирования нового поколения MiSeq (Illumina), программного комплекса для сборки генома de novo и картирования по референтной последовательности.
В результате работы были получены нуклеотидные последовательности для каждого геномного сегмента генома вируса. Филогенетический анализ подтвердил принадлежность данного изолята к генетической группе G1. Вирусы из группы G1 широко распространены в странах Ближнего Востока и Средней Азии. В результате анализа нуклеотидной последовательности гена HA изученного вируса было установлено родство с группой изолятов, выявленных на территории Израиля в период с 2006 по 2012. При сравнении всех полученных геномных сегментов с нуклеотидными последовательностями изолятов вируса гриппа, взятых в базе данных GenBank электронного ресурса NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/) и платформы EpiFlu (https://www.gisaid.org/), было установлено, что выделенный вирус A/chicken/Chelyabinsk/30/2019 имеет максимальный уровень генетической идентичности по всем генам с вакцинным штаммом A/chicken/Israel/215/2007, распространенным на территории Израиля.
Был проведен сравнительный анализ изолята A/chicken/Chelyabinsk/30/2019 с другими изолятами генетической группы G1, выявленными ранее на территории РФ. По результатам анализа установлена высокая генетическая идентичность вируса A/chicken/Chelyabinsk/30/2019 с выявленными в
Подробный анализ изолята A/chicken/Chelyabinsk/30/2019 будет опубликован в ближайших выпусках журнала «Ветеринария Сегодня».
Пресс-служба ФГБУ «ВНИИЗЖ»
Источник